Potrzebę budowy nowego kościoła w Grójcu wspólnota chrześcijańska zaczęła odczuwać, kiedy to jednym z wikariuszy parafii Św. Mikołaja był ks. Marian Duś, późniejszy biskup sufragan Archidiecezji Warszawskiej. Podczas wizyt duszpasterskich niejednokrotnie spotykał się z zapytaniem, czy władze kościelne nie widzą potrzeby budowy drugiego kościoła w Grójcu. Można śmiało napisać, że inicjatywa budowa Domu Bożego powstała już pół wieku temu. Od tej pory zaczęto coraz więcej i coraz częściej mówić na ten temat. Mijały lata. Budownictwo sakralne w Polsce stało się sprawą priorytetową, naturalnie dla władz kościelnych. Należało myśleć o przyszłości tym więcej, że po usunięciu lekcji religii ze szkół wszystkich typów i stopni, katecheza dzieci i młodzieży skupiała się wokół kościoła. Nadszedł rok 1982. Proboszczem w Grójcu był wtedy ks. Ryszard Okiński. Zdając sobie sprawę z sytuacji, jaka istniała, z trudnych warunków lokalowych, a nade wszystko z potrzeby duchowej wiernych, w dniu 10 lutego 1982r występuje do Kurii Metropolitalnej w Warszawie o uwzględnienie przy planowaniu potrzeb budownictwa sakralnego, budowę drugiego kościoła w Grójcu. Budowa nowego kościoła została przez władze kościelne zaakceptowana. Należało teraz zadbać, aby zmierzony cel został wykonany. Nowy proboszcz macierzystej parafii- ks. Stanisław Laskowski, pracował nad domem parafialnym, a czynił przygotowania do budowy nowego duszpasterstwa w Grójcu. Ze względu na nadmierne obowiązki do parafii św. Mikołaja został skierowany jeszcze jeden wikariusz- ks. Bogusław Pasternak, którego głównym zadaniem obok pracy duszpasterskiej, miała być pomoc przy powstawaniu nowego ośrodka Parafialnego w Grójcu.

9 sierpnia 1987 roku ks. Stanisław Laskowski skierował pismo do naczelnika Miasta i Gminy Grójec o wskazanie lokalizacji nowego kościoła. 24 stycznia 1987r. zostaje nadesłany protokół uwzględnień wyrażający zgodę Wojewody radomskiego na budowę kościoła oraz budynków administracyjno- katechetycznych. Lokalizacja nowego duszpasterstwa została wyznaczona przy ówczesnej ulicy 22 lipca.

Prace rozpoczęły się 18 stycznia 1987r., kiedy to około pięćdziesięciu ludzi przy pomocy koparki wyrywali stare, spróchniałe drzewa owocowe. Od połowy października a następnie w listopadzie zrobiono wykop i założono fundamenty pod dom parafialny. Plan budynku katechetycznego, a następnie projekt budowy nowego kościoła wykonali: architekt dr inż. Janusz Stępkowski i konstruktor mgr inż. Janusz Zdrojewski. Wysokie piwnice zostały przeznaczone na sale katechetyczne, parter na kaplicę, zakrystię oraz pomieszczenie administracyjne.

28 sierpnia 1988 roku na Mszy świętej o godz. 10.00 Jego Eminencja Ksiądz Józef kard. Glemp, Prymas Polski dokonał poświęcenia nowopowstałej kaplicy i placu pod nowy kościół oraz krzyża i figury Matki Bożej.

Miesiąc później, tj. 28 sierpnia, rozpoczęto budowę nowego kościoła, a więc zostały ręcznie wykopane rowy pod fundament, zostały one oczyszczone i pogłębione, ażeby wreszcie je zalać cementem 22 października.

W niedzielę 22 października 1988 roku Jego Eminencja Józef kard. Glemp erygował nową parafię oraz powołał ks. Bogusława Pasternaka, jako proboszcza nowo erygowanej parafii.

Kamień węgielny składający się z pięciu mniejszych kamieni z Ziemi Świętej( pochodzą z Nazaretu, Betlejem, znad Jeziora Galilejskiego oraz z Golgoty oraz Grobu Chrystusowego) został poświęcony i wmurowany wraz z aktem erekcyjnym 27 sierpnia 1989 roku. Do tuby wraz z aktem zostały złożone ordery i odznaczenia zamordowanego w Katyniu kapitana Antoniego Zielińskiego oraz ówczesne polskie monety.

25 sierpnia 1991 roku Prymas Polski poświęcił trzy nowe dzwony:

○ ważący 520 kg dzwon „Jadwiga” ufundowany przez Jadwigę i Jana Maciaków ,

○ ważący 318 kg dzwon „Hanna” „Józef” ufundowany przez Hannę i Józefa Wojdalskich,

○ ważący 150 kg dzwon „Olaf” ufundowany przez Wspólnotę Protestancką w Norwegii.

Dzwony zostały wykonane w pracowni ludwisarskiej Jana Felczyńskiego

W całym sezonie budowlanym roku 1992, trwały prace nad uzupełnieniem nadbudowy ścian konstrukcyjnych stalowego belkowania pod sklepienie. Prace dachu o powierzchni 2000m², pochłonęły ponad 150 ton stali budowlanej 150m³  tarcicy tartacznej oraz 2000m² papy.

1 grudnia 1992r. ks. Bogusław Pasternak z rąk biskupa polowego Wojska Polskiego bp. Sławoja Leszka Głódzia otrzymał nominację na kapelana Wojska Polskiego. Tym samym kościół pw. Miłosierdzia Bożego stał się kościołem garnizonowym.

7 października 1993r. skończono murowanie wieżyczki nad kościołem oraz zainstalowano na niej konstrukcję łukową z krzyżem ze stali nierdzewnej.

24 grudnia 1995r. podczas uroczystej Mszy świętej o godz. 12.00, której przewodniczył Prymas Polski Józef kard. Glemp świątynia Miłosierdzia Bożego została poświęcona. Po Liturgii została poświęcona pamiątkowa marmurowa tablica, wmurowana w ścianie po prawej stronie kruchty.

14 czerwca 1996r. podczas Mszy świętej odpustowej sufragan Archidiecezji Warszawskiej bp. Marian Duś poświęcił stacje Męki Pańskiej, ofiarowanej przez pp. E. i St. Skarżyńskich w Wielki Piątek.

4 czerwca 1997r została zakończona praca przy układaniu marmurowej posadzki w kaplicy i prezbiterium kościoła i podestu pod tabernakulum oraz został złożony nowy marmurowy ołtarz.

15 czerwca 1997r.- został przeniesiony obraz Jezusa Miłosiernego z kaplicy w domu parafialnym do kościoła.

7 stycznia - 21 lutego 1998r- układanie marmurowej posadzki w nawie głównej i nawach bocznych oraz zakrystiach.

3 kwietnia1998r.- został zawieszony krzyż na głównej ścianie prezbiterium o długości 6,2 m z figurą Pana Jezusa o długości 3,3 m

19 kwietnia 1998r- podczas Mszy odpustowej, kard. Józef Glemp poświęcił nowy marmurowy ołtarz oraz figurę Chrystusa Ukrzyżowanego.

19 września 1999r. –konsekracja kościoła przez Prymasa Polski Józefa kard. Glempa

21 listopada 2007r- zostały zainstalowane nowe organy holenderskiej firmy Johannus